Há algum lugar diferente de / etc / group que armazena grupos secundários para um usuário?
Não, a configuração padrão do Ubuntu depende apenas de /etc/passwd e /etc/group para associação ao grupo.
Seu primeiro comando id lá, mostra os grupos em que você está nessa sessão iniciada (ou seja, quais membros do grupo /etc/group tinham no momento em que você efetuou login).
Seu segundo comando id faz com que ele consulte /etc/passwd e /etc/group e exibe informações com base no que esses arquivos contêm atualmente.
As alterações na associação ao grupo entram em vigor quando você faz login.