Você provavelmente tem algum arquivo com nomes incorretos na sua pasta, que se expande em -2...vcf
ou algo semelhante. Você pode executar o ls desta forma: ls -- *.vcf
para contornar isso.
Explicação:
O BASH executa a expansão de curingas antes de executar ls, então provavelmente há algo como ls -2...vcf blabla01.vcf blabla02.vcf
sendo chamado. Ao adicionar dois traços, você diz ao ls onde os parâmetros terminam, então trata o argumento -2...vcf
como um nome de arquivo.