É muito provável que você tenha um cabo SATA defeituoso. Essas coisas podem às vezes ser de qualidade muito baixa e, a partir de sua descrição, parece que isso começou a acontecer quando você trocou os cabos de HDDs "ruins" e "bons". Obtenha 2 novos cabos SATA para esses discos rígidos e teste-os novamente.