Não tenho certeza se isso funciona em todas as plataformas, mas (na versão Linux, pelo menos), mesmo que o texto não apareça selecionado, o módulo de pesquisa / substituição (?) parece saber onde o texto foi selecionado.
Você pode clicar no controle "Em seleção" (o botão mais à direita à esquerda da caixa "Localizar:" - o ícone é um retângulo escuro com um centro de luz) e a pesquisa / substituição ocorrerá somente no texto que foi selecionado quando você o invocou.
Infelizmente, o texto fica desmarcado depois que você realiza esta operação, então você tem que selecioná-lo novamente se você quiser fazer outra operação no mesmo texto, então ainda não é ótimo.
Estou assumindo que esse é um recurso que os desenvolvedores realmente não usam (ou talvez nem mesmo usem seu próprio produto para desenvolvê-lo?) ou seria consertado há muito tempo.
Isso pode ser uma funcionalidade mais recente do que a data de sua postagem (estou usando a compilação 3065).