Você pode usar netsh para definir sua configuração de DNS para uma conexão de rede. Por exemplo:
netsh interface ip add dns name="Local Area Connection" addr=8.8.8.8
netsh interface ip add dns name="Local Area Connection" addr=8.8.4.4 index=2
Isso definiria 8.8.8.8 como seu serviço DNS primário e 8.8.4.4 como seu servidor secundário. Adicione quantos você precisar, apenas aumente o index com cada chamada.