Crie outra conta de usuário em sua máquina (ou use root como você mencionou?). Então seu backup faz algo assim:
- Copia seus arquivos para um local em que ambos tenham lido / gravado acessar
- A outra conta de usuários tem algum tipo de processo automatizado (cron?) que, em seguida, move esses arquivos para um local onde acesso de leitura / gravação, mas você só tem acesso de leitura