Se eu entendi corretamente, você deseja alterar o diretório de dados padrão? Isso é amplamente tratado no FAQ do fórum ownCloud aqui: link
Basicamente, se você já instalou o ownCloud, altere a configuração "datadirectory" no seu config.php. Mas você precisa ter cuidado para também copiar todos os dados do local antigo para o novo.
A opção mais fácil é selecionar "Avançado" durante a configuração e inserir diretamente o caminho desejado no campo de entrada correspondente.