Uma solução bastante hacky seria reimportar a chave antiga para alterar sua ordem interna:
Faça um --export-secret-keys
e --export
com sua chave antiga, solte-o e reimporte-o (faça um backup de sua pasta .gnupg primeiro). Se o GnuPG está escolhendo a primeira chave encontrada, esta deve ser a sua nova agora (e você ainda está mantendo a antiga).