Você precisa mesclar os segmentos primeiro e depois codificar. Os arquivos TS podem ser mesclados de forma simples, concatenando-os. Então tente:
$ cat segment*.ts > onefile.ts
$ ffmpeg -i onefile.ts -c:v libx264 -preset medium -tune film -crf 23 \
-strict experimental -c:a aac -b:a 192k output.mp4
No exemplo acima, você obviamente precisa obter "ffmpeg" de homebrew ou macports ou de binários do OSX que estão disponíveis gratuitamente.
Altere "-crf 23" para um inteiro inferior em duas etapas 21,19, ... para maior qualidade, se você não estiver satisfeito com os resultados - mas o padrão 23 deve ser bom. Não vá abaixo de 16, porque isso é "praticamente sem perdas" para os padrões normais de percepção humana.
Divirta-se.