Selecione sua tabela de dados e, em seguida, na faixa de opções, acesse Data > Conexões > Propriedades
Preencha a caixa pop-up da mesma forma:
Isso deve ser tudo que você precisa fazer. Se não for configurado assim, o Excel substituirá a tabela inteira sempre que você atualizar a conexão.
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Não tenho certeza se esta é a resposta, mas eu tinha um pouco de pensar sobre o seu problema. Eu encontrei problemas com colunas anexadas sendo destruídas, e isso foi o que eu corrigi com a minha resposta acima, mas se você tiver definido os dados se movendo ...
Quando o Excel atualiza, eu não acredito que ele mantenha um relacionamento entre os dados em sua tabela e os dados do SharePoint, ele apenas substitui todos os dados pelos dados do SharePoint, que nem sempre estarão no mesmo ordem. Acabei de ter fórmulas nas minhas, se você estiver adicionando comentários e, em seguida, novos dados estiverem sendo adicionados, o Excel nem sempre atualizará os dados com as linhas nos mesmos locais, e seus comentários serão movidos.
Se você estiver usando uma exibição padrão para sua exportação, crie uma exibição de exportação especial. Certifique-se de que seja classificado apenas por ID. Dessa forma, você pode garantir que o local de uma determinada linha esteja sempre no mesmo lugar, pois novas linhas sempre serão adicionadas abaixo. Você pode simplesmente classificar a tabela de maneira mais lógica no Excel.