Eu não acho que o GNU Screen possa inserir quaisquer marcas invisíveis no buffer de rolagem para trás, mas você pode colocar marcas visíveis de um shell ou do código sendo depurado. Basta escolher uma string que provavelmente não será mostrada no pergaminho e imprimi-la lá:
echo '### anchor1 ###'
Então quando você precisar voltar para a "âncora", mude para o modo de rolagem para trás Ctrl + a , [ e pesquisa para trás: ? .