Parece que o seu site interno requer o modo de documento IE9, que ainda é suportado no IE11 no Windows 10.
Duas opções para definir o modo compat padrão para esse site no IE9:
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Se você puder atualizar o código do site, poderá adicionar a seguinte meta tag a todas as páginas do site para solicitar o modo IE9.
< meta-http-equiv="compatível com x-ua" content="IE = 9" >
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Se a sua intranet tiver gerenciado PCs, você poderá usar o recurso Lista de sites do modo empresarial