Você pode listar cada entrada individualmente:
ffmpeg -loop 1 -t 4 -i 001.png -loop 1 -t 2 -i 002.png -loop 1 -t 3 -i 003.png \
-filter_complex "[0][1][2]concat=n=3:v=1:a=0" output.foo
Presumi que você deseja concatenar as imagens, por isso adicionei o filtro de concatenação . Como alternativa, você pode usar o decodificador de concatenar .