De acordo com as Especificações da ATA , elas não afetam um ao outro em tudo:
Advanced Power Management is independent of the Standby timer setting. If both Advanced Power Management and the Standby timer are set, the device will go to the Standby state when the timer times out or the device’s Advanced Power Management algorithm indicates that the Standby state should be entered.
Assim, você pode usar -B 254 para não deixar a parte Advanced Power Management da unidade girar para baixo, mas ainda usar -S 1 para que o temporizador Standby o reduza após 5 segundos.