Geralmente a Microsoft tem feito um bom trabalho de manter todos os recursos e formatar ao converter do formato DOC legado para o novo formato DOCX, então você deve ver muito poucos problemas com a formatação se converter de um formato para outro. Por esse motivo, não acho necessário passar por cada documento para verificar as diferenças.
Eu não acredito que haja muitas vantagens práticas do documento DOCX sobre um documento DOC baseado em suas necessidades. Uma coisa a ter em mente é que DOCX é o formato em uso pelos processadores Word no momento, então faz sentido tê-lo nesse formato (embora, ao dizer isso, todos esses processadores de Word também devam suportar os documentos DOC legados) . Você também pode descobrir que alguns recursos que os processadores de texto modernos fornecem (como o Microsoft Word 2013) só podem ser adicionados a um documento DOCX e aparecerão acinzentados no menu se você estiver trabalhando com um documento no formato DOC.