Livre-se do filtro movie
source e use -filter_complex
(usado para filtrar com várias entradas) em vez de -vf
(usado para filtragem com uma entrada). Agora, você pode simplesmente listar suas entradas como de costume e, em seguida, informar a cada um de seus filtros com quais entradas deseja trabalhar.
Como você só tem duas entradas, basta fazer:
ffmpeg.exe -i x:\test1\video.mov -i x:\test2\overlay.mov -filter_complex overlay x:\test3\video_overlay.mov
Isso seria o mesmo que:
ffmpeg.exe -i x:\test1\video.mov -i x:\test2\overlay.mov -filter_complex "[0:0][1:0]overlay[out]" x:\test3\video_overlay.mov
Obtenha uma compilação ffmpeg recente se a sua não suportar -filter_complex
em Zeranoe FFmpeg Builds e veja o FFmpeg Filters Documentation para mais informações.