Eu também tive esse problema, minha solução foi usar um formato diferente, exemplo
$ ffmpeg -i leontest.mpg -c copy -v warning leon2.mp4
[mpeg @ 000000000209bd40] max_analyze_duration 5000000 reached at 5004000 micros
econds
[mp4 @ 0000000004718360] pts has no value
Last message repeated 54 times
Agora, como você pode ver, o FFmpeg envia um aviso, mas o vídeo parece estar impecável.