Se o serviço de hospedagem é baseado em serviços de código aberto, como Linux (OS) e Apache (web), então suas licenças são compatíveis com GPL AFAIK. GPL e licenças abertas relacionadas não o impedem de cobrar por um serviço.
Se você desenvolver seu próprio aplicativo da web. Você precisa de uma licença comercial do MySQL se o seu código de aplicativo não for compatível com GPL. Isso parece aberto a interpretação para mim (embora eu tenha apenas desnatado a licença). Isso significa que, se você executar o código GPL em um servidor proprietário, está OK? Eu acho que você é.
Eu acho que a abordagem mais simples para você é simplesmente GPL seu próprio código de aplicativo, então você deve estar bem. Você ainda pode cobrar pelo serviço, instalação, suporte, treinamento, etc. Usar um serviço de hospedagem cobrável não é aqui nem lá, você pode recarregar isso - com a marcação, isso não afeta a licença (contanto que os termos e condições do serviço de hospedagem permitem a recarga, é claro).
É aplicável uma renúncia habitual - não sou especialista jurídico - se tiver dúvidas, obtenha aconselhamento legal.