Alternativas:
- Use dois ramos (DEV + QA e PRO), nos quais apenas um único arquivo será diferente e precisará ser mesclado
- Se você usar as ferramentas corretas para fazer as coisas corretas, implante de repo para destinos diferentes não manualmente, mas usando um "gerenciador de versões", que pode obter tarefas adicionais de compilar e implantar - converter htaccess- template em htaccess para este alvo