Windows
Os binários de aplicativos estão em
-
C:\Program Files\Appname
ou -
C:\Program Files (x86)\Appname
ou - Outro diretório escolhido pelo desenvolvedor ou
- Outro local escolhido pelo usuário ou pela política corporativa
Às vezes, os aplicativos instalam bibliotecas compartilhadas em
- C: \ Windows \ System32
As configurações do aplicativo são armazenadas em
- O registro sob várias chaves
- em vários arquivos cuja localização depende se você tem um perfil de roaming
Os dados salvos do aplicativo são salvos em
- Uma subpasta específica de aplicativos do diretório "home" dos usuários (mas não "Meus documentos")
- Documents and Settings (XP)
- AppData (Vista)
Linux
Veja Padrão de hierarquia do sistema de arquivos do Linux (FHS)
/opt Optional application software packages
/home Users' home directories, containing saved files,
personal settings, etc.;
etc.
Conclusão
O Linux não é mais complexo e arbitrário que o Windows. Apenas seguindo uma tradição diferente.