Eu vou falar sobre propagação : Quando uma pasta é marcada como oculta, por padrão, ao usar a GUI, o atributo será propagado para arquivos e subpastas. Não posso, é claro, dizer por que isso aconteceu. dir mostrará todos os arquivos como harrymc disse, mas você pode (como eu) dizer ao windows explorer para mostrar arquivos e pastas ocultos e do sistema, que é googlable.
Atualização para comentários
Ocultar e aplicar a subpastas é o comportamento padrão no Windows ao usar a GUI e é possível usar a opção / S na linha de comando:
C:\Users\me>attrib /?
Displays or changes file attributes.
ATTRIB [+R | -R] [+A | -A ] [+S | -S] [+H | -H] [+I | -I]
[drive:][path][filename] [/S [/D] [/L]]
+ Sets an attribute.
- Clears an attribute.
R Read-only file attribute.
A Archive file attribute.
S System file attribute.
H Hidden file attribute.
I Not content indexed file attribute.
[drive:][path][filename]
Specifies a file or files for attrib to process.
/S Processes matching files in the current folder
and all subfolders.
/D Processes folders as well.
/L Work on the attributes of the Symbolic Link versus
the target of the Symbolic Link