Id hospedar o banco de dados no 'servidor linux', e hospedar sites e php em ambos os Pi, loadbalancing com haproxy, pode ser um exagero para você, mas é um ótimo produto para aprender.
O banco de dados funcionará tão duro quanto as demandas do php, se o banco de dados demorar muito para responder, o php e o apache sofrerão.
O HAProxy não usa muita memória, e se seu tráfego estiver baixo, sua demanda de CPU será fraca, eu sugiro que ele seja executado no servidor linux também.
Você precisa fazer backup com tanta frequência? Se o conteúdo é dinâmico, você pode querer pensar em implantá-lo a partir de uma localização central (seu servidor linux) e usar algo como o Git para controle de código-fonte, fazer backups incrementais diariamente, completo uma vez por semana, talvez?