Parece ser um problema com o Compiz no Maverick. Eu tive o mesmo problema quando atualizei, já que meu painel também estava na parte inferior da tela.
O bug relevante: link
A solução que usei foi abrir o gerenciador de configurações do Compiz (se você não o tiver em seu menu de preferências: sudo apt-get install compizconfig-settings-manager ) para forçar a abertura da janela na parte inferior.
Do comentário # 10 por Kantastisk no tópico do bug acima mencionado:
Vá para o plugin "Place Windows" do ccsm e sob a aba "Fixed Window Placement" encontre a caixa "Windows com posições fixas" e clique em "new". Selecione o ícone + e, em "Tipo", escolha "título da janela". Clique no seu miniaplicativo de calendário, depois no botão "agarrar" e, em seguida, clique no calendário aberto. O valor resultante deve ser algo como "title = Calendar" ou seja o que for em seu idioma. Clique em adicionar e sob as posições x e y, escolha as configurações mais à direita. Por fim, marque "Manter na área de trabalho" e você deve estar pronto.
Sem usar o CCSM, supostamente há uma maneira rápida (eu não tentei) através do terminal postado por Zamiere Vonthokikkeiin (novamente no tópico do bug acima mencionado):
gconftool-2 -t list -s --list-type=bool /apps/compiz/plugins/place/screen0/options/position_constrain_workarea [true] gconftool-2 -t list -s --list-type=string /apps/compiz/plugins/place/screen0/options/position_matches ["name=clock-applet"] gconftool-2 -t list -s --list-type=int /apps/compiz/plugins/place/screen0/options/position_x_values [32767] gconftool-2 -t list -s --list-type=int /apps/compiz/plugins/place/screen0/options/position_y_values [32767]