Parece que o IE respeita as configurações padrão da configuração do teclado, conforme definido no Windows. Se você clicar com o botão direito do mouse no ícone do idioma na barra inferior da tela e selecionar Configurações, poderá ver (e modificar) essa configuração padrão. Observe que, nessas configurações, você também pode definir atalhos de teclado para alterar a configuração. (Eu uso regularmente os atalhos Ctrl + Number para alternar entre os sistemas de escrita latina, cirílica, grega e outros).
Esta é uma configuração do usuário. Tenho certeza de que você não pode defini-lo como um autor de site para seu site. Espero que a resposta seja a mesma para aplicativos baseados em navegador.
E isso está bem, se você me perguntar. Não espero que um autor de um website ou programador de aplicativos saiba qual configuração de teclado eu prefiro ou o teclado físico que estou usando. Estou muito feliz com a minha configuração de teclado padrão da Finlândia, que permite digitar uma grande variedade de idiomas (incluindo inglês com pontuação "inteligente") de maneira muito mais confortável do que, por exemplo, usando a configuração de teclado dos EUA, que é muito limitada.