Eu acho que você poderia editar as configurações de registro desse executável específico para que ele sempre seja executado com os parâmetros que você definiu. Abaixo, é uma questão relacionada sobre sempre rodando firefox.exe com alguns argumentos no windows xp:
Como definir os parâmetros padrão para uma aplicação?
Eu acredito, o caminho do registro não deve ser muito diferente no windows 7 também. ou seja, sempre algo como
\HKEY_CLASSES_ROOT\MyApplication\shell\open\command