Tem o mesmo problema que o OP ao usar a ferramenta de análise USB20CV R1.4.9.4 do usb.org. O aplicativo travou durante um teste de dispositivo e, portanto, não conseguiu restaurar os drivers MS ou Intel padrão. Nenhuma das minhas 14 portas-raiz estava funcionando com o win 7 pro.
O modo de segurança não restaura os drivers.
Felizmente, tinha um mouse PS2, inicializado no modo de segurança usando o teclado virtual para login, gerenciador de dispositivos verificado e todos os controladores de chipsets USB da Intel desapareceram, substituídos pela pilha de drivers de aplicativos personalizados (EHCI HSETT, eu acho). Desinstalado as 2 instâncias (meu MB tem 2 hubs raiz) e pronto, as Intel reapareceram com drivers MS ou Intel apropriados.
Lição: Sempre mantenha um dispositivo de tecnologia dos anos 80 por perto quando você mexer com as coisas! ;)