O próprio Skype não tem como fazer isso. Ele não pode dizer o que você quer, olhando para o fone de ouvido, porque isso poderia ser apenas alto-falantes externos.
Você precisará de uma ferramenta externa que o direcione dessa maneira para você, atrás das costas do Skype.
Você pode tentar isso (nunca usei):
LineIn 2.1.0 (free)
Enables soft audio playthru from input devices.