Isso deve funcionar; mas, como sempre, ao lidar com discos rígidos, os backups são uma boa ideia e você não terá que se desesperar com as chances de perder dados. (evidência anedótica: nunca perdi nenhum dado crítico ao modificar partições, mas poderia ter tido sorte).
Quanto aos aplicativos, você pode ler o ext3 no Windows usando este utilitário , mas é melhor trabalhar com um live do Linux CD como Ubuntu ou GParted (o suporte a ext3 será muito melhor, e o NTFS funciona bem para uso somente leitura).