No caso de um sistema operacional Linux, a execução com diferentes partições e diferentes tipos de partições aprimoram o desempenho. Isso ocorre porque os diferentes tipos de partições são usados para finalidades diferentes.
No caso de particionamento genérico, onde todas as partições criadas usam o mesmo sistema de arquivos e são usadas para armazenamento ... onde você particiona apenas para facilitar a organização ... é tudo uma questão de escolha pessoal. É possível fazer um disco rígido trabalhar mais (ou seja, encurtar a vida ligeiramente ou diminuir o desempenho) dependendo de como você escreve para e das partições da unidade. Não, não estou dizendo que esse é sempre o caso.
Existe algum benefício real? Ele pode ajudá-lo a organizar melhor o uso da unidade ... dependendo da quantidade de ajuda que você precisa organizar. Vamos supor que você usaria a unidade secundária para os backups da máquina do tempo em vez da unidade externa. Criar uma partição na unidade secundária apenas para o Time Machine usar não vai melhorar o desempenho nem fazer com que o Time Machine faça seu trabalho melhor. Significa apenas que você dirá ao Time Machine para salvar os backups em uma "unidade" em vez de apenas em um diretório. Semântica, neste caso.
Realmente ... depende se você sente ou não a necessidade de ter esse nível de compartimentalização organizacional. Alguns fazem, outros não. Então o benefício é para a sua paz de espírito.