Este é um problema na pilha de protocolos. Você só pode ter um certificado SSL por IP por porta.
O motivo é o seguinte: O sistema de Apache e afins do VirtualHost é baseado no cabeçalho do host HTTP . No entanto, este cabeçalho é enviado depois que a conexão SSL é estabelecida (como todos os cabeçalhos são enviados depois de estabelecer a conexão SSL, caso contrário, seria um pouco inútil).
Assim, o único meio que o servidor tem para escolher um certificado é baseado na interface ou no IP em que a conexão é recebida e na porta.
Uma solução para o aviso seria adicionar seu segundo domínio como SubjectAltName ao certificado.