Depende de qual é o disco rígido interno. Se ele contiver o sistema de arquivos raiz, monte-o em / , se ele contiver os diretórios do usuário, monte-o em /home , se ele contiver dados a serem compartilhados na montagem de rede, use /export . Se você não puder categorizá-lo, crie um novo diretório com um nome distinto.
/mnt é usado como um ponto de montagem temporário. Um disco rígido interno é permanente, então esse é o lugar errado. /media/ é frequentemente usado para dispositivos removíveis, mas não para os internos.