Como um workround (bastante feio) para o acima ... a janela de bookmarks do VLC informa o byte offset do início do arquivo, então eu posso realmente fazer
dd bs=1 skip=<start> count=<end-start> if=video.ts of=extract.ts
para obter o extrato, mas seria muito melhor fazer isso a partir da GUI. (Embora eu tenha acabado de descobrir - tarde demais - é possível copiar e colar os números grandes envolvidos nas informações do marcador, em vez de redigitá-los: ^)