Você não pode diretamente, o servidor de arquivos oculta isso implicitamente.
Mas você pode adivinhar: se tudo o que você precisa saber é se é FAT ou NTFS, basta copiar um arquivo > 2 GB; se falhar, é provavelmente FAT que não pode lidar com arquivos > 2GB. Há também algumas diferenças em quantos arquivos por pasta, caracteres permitidos e assim por diante (dê uma olhada nas páginas wikipedia dos sistemas de arquivos).