Parece ser possível usar o parâmetro --packages (-P) para o Setup.exe do Cygwin. Um bom script de lote de amostra pode ser encontrado aqui :
setup.exe ^
--no-shortcuts ^
--quiet-mode ^
--disable-buggy-antivirus ^
--packages ^
aria2,^
atool,^
autoconf,^
automake,^
autossh,^
[...]
É claro que ainda é necessário compilar uma lista de seus pacotes favoritos, o que pode ser feito usando cygcheck -c .