Isso é estranho, com certeza, e só posso oferecer uma sugestão sobre como solucionar isso ...
Eu suspeito que é mais provável que um caso de algo impropriamente usando as bibliotecas de tempo de execução x86 VC ++ (se disponível), em vez de as próprias bibliotecas de tempo de execução x86 estarem com falhas.
Eu limpo-o novamente, instale somente o Windows e os drivers mais básicos necessários para acessar uma área de trabalho.
Instale primeiro o pacote redistribuível VC ++ x86 e veja se ele afeta o desempenho.
Se não houver efeito (as coisas ainda são rápidas), vá a partir daí instalando o software, verificando as velocidades de E / S após cada, na esperança de encontrar o verdadeiro culpado.
Se isso afetar a velocidade de E / S logo após a instalação do pacote VC ++ (com um conjunto mínimo de drivers), provavelmente você terá um driver interessante (RAID ou AHCI talvez) e você deverá entrar em contato O fabricante permite que eles saibam o que está acontecendo (ou para obter o driver mais recente para tentar, se você ainda não o fez).