Tendo trabalhado muito com isso, posso garantir que não há nada no modelo de documento subjacente do OneNote ou APIs que permita o controle sobre o que é verificado ortograficamente ou não. Se houvesse, seria possível escrever um add-in para marcar blocos de texto como código (que é algo que eu tenho vontade de fazer por um longo tempo), mas até agora não é possível, dadas as muitas limitações do API do OneNote.
Outros parecem concordar: Como a verificação ortográfica pode ser desativada para uma parte de uma página do OneNote .