Você não terá problemas para executar e concluir o comando. Você também poderá trabalhar com os programas do KDE já abertos. Mas você deve estar preparado para problemas.
Por esta razão, saia da sessão do KDE e mude para tty1: Ctrl + Alt + F1
Faça login e execute sua desinstalação. aptitude
executa autoremove
por padrão automaticamente, mas você deve executar
sudo aptitude autoclean
após o comando na sua pergunta. Agora instale seu novo DE.
Aviso: não testei o comando na sua pergunta.