Isso acontece com muitos dos meus discos rígidos portáteis também. Eu regularmente tenho que alternar entre o Linux, mac e vários sabores do Windows e nem sempre posso manter um disco rígido para cada tipo. Mas eu os usei com esse comportamento há alguns anos. Os dados ainda estão bem, eu não sei por que isso acontece, mas eu diria manter um backup e não se preocupe muito com isso. Eu executei a verificação de erros da unidade do Windows e ela corrige por um tempo curto antes de voltar.
Então, se alguém vier com uma maneira de consertar esse comportamento, então ótimo, eu vou ter uma correção também, mas caso contrário eu não precisaria . :)
Edit: Acabei de encontrar uma maneira de corrigir partições ausentes ou corrompidas em sua unidade: - Siga as instruções de aqui