Você pode usar um live-cd do Ubuntu para isso. Ele montará automaticamente suas partições NTFS quando for inicializado, e você poderá excluir diretamente a pasta através do gerenciador de arquivos, em Locais > Computador.
Se você tentar isso e houver um problema "excluindo" a pasta, isso pode ser devido à falta de memória do sistema. Isto pode ocorrer porque a sessão está rodando "live", então o Ubuntu tentará manter sua própria lixeira de reciclagem por padrão ... na memória. Se isso acontecer, você pode habilitar uma opção de "exclusão direta" nas configurações de preferências do gerenciador de arquivos.