Se a ferramenta em questão for ClearType Tuner dos PowerToys do Windows XP, a desinstalação não alterará nada . A ferramenta modifica a maneira como o texto é exibido em todo o sistema e a mudança é "de agora em diante".
Sugiro reinstalar a ferramenta, depois fazer dois testes - ligar e desligar o ClearType e ver se os resultados são melhores com ou sem ele.