Nas configurações do editor externo (Ferramentas, Complementos, Extensões, Preferências do Editor Externo), certifique-se de colocar o caminho para o emacs, onde diz "Editor de Texto". Eu estou fazendo isso no OS X, então aqui está o que diz para mim:
/Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/Emacs
Você gostaria de colocar a localização do seu executável do emacs: provavelmente algo como:
/usr/bin/emacs.