Você pode adicionar Favoritos . Basta ir ao diretório desejado e via Menu Global → Favoritos → Adicionar marcador .
Ou você pode usar simplesmente Ctrl + D quando estiver no diretório desejado.
Para o Ubuntu 13.04 ou versões mais atualizadas, você pode clicar no ícone "engrenagem" no canto superior direito e usar "Adicionar marcador"