o checkinstall faz o que você deseja: ele monitorará quais arquivos serão instalados e os colocará em um pacote .deb, que pode ser instalado e removido
Instale-o com
apt-get install checkinstall
então você faz a instalação normal do procedimento de origem, substituindo 'sudo make install' por 'sudo checkinstall':
./configure
make
sudo checkinstall
Referência: link