No meu melhor conhecimento, isso é decidido exclusivamente pela Categoria do arquivo .desktop do aplicativo (localizado em /usr/share/applications/
ou para aplicativos de usuário local em ~/.local/share/applications/
).
Por exemplo:
$ cat /usr/share/applications/gedit.desktop | grep Categories
Categories=GNOME;GTK;Utility;TextEditor;
$ cat /usr/share/applications/gimp.desktop | grep Categories
Categories=Graphics;2DGraphics;RasterGraphics;GTK;