Se eu entendi sua pergunta corretamente, você deseja mesclar todo o registro de um computador no registro de outro? Eu não posso dizer que já fiz isso, ou até mesmo conhecer um cara que uma vez conheceu um cara que tentou isso, mas só de pensar nisso me dá uma dor de estômago.
Dito isso, RegFileExport da NirSoft pode despejar arquivos da seção offline em arquivos .reg padrão que podem ser concatenado e importado usando o RegEdit.