Eu não penso assim. AFAIK, WUBI basicamente cria uma partição dentro do host. Eu pensei que o WUBI era apenas o Windows ...
De qualquer forma, se você tem uma instalação regular do Ubuntu (tem sua própria partição), então isso não deve ser um problema. O que você está tentando fazer é usar uma partição de disco bruta. Você terá que cortar um pouco embora. Aqui estão alguns links sobre isso: