Acredito que seu problema foi resolvido ao declarar explicitamente o tipo de terminal. Eu uso multi-termo para emacs no cygwin no windows7 x64 com as seguintes linhas no meu .emacs:
(require 'multi-term)
(setq multi-term-program "/bin/bash") ;; <--- this is what you need
(setq multi-term-dedicated-select-after-open-p t)
(setq multi-term-dedicated-close-back-to-open-buffer-p t)
(define-key global-map (kbd "C-x t") 'multi-term-dedicated-toggle)