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MFT Master File Table.
In many ways, a MFT is an upgraded version of a file allocation table (FAT). Instead of simply being a simple list of file addresses on a hard disc, the MFT contains the attributes of the file or directory itself. This information will include items such as name and address but also security details or permissions. If the file being tagged is small, the file data can actually be stored in the MFT entry, making the access of such data very fast.
Isso me faz pensar que você não deveria apenas copiá-lo de uma máquina para outra, já que eles não serão idênticos. Não são informações sobre as partições, mas sobre os dados reais no disco.
Já tentou executar o chkdsk a partir da consola de recuperação da sua mídia de instalação do Windows?