Parece que o Filezilla está desconectando / sendo desconectado e causando o upload parcial do arquivo.
Entre em "Editar" - > "Configurações" - > "Transferências" e ajuste-o para um e tente o teste novamente. Pode ser que o servidor não goste de transferências simultâneas. Se estiver definido como um, você poderá ter outro problema.
Se funcionar em uma transferência de cada vez, ajuste-a para duas ou três e tente novamente. Você pode continuar testando para encontrar o lance máximo
Também pode ser que o servidor não queira que você permaneça conectado por muito tempo; nesse caso, uma conexão rápida seria melhor do que muitas conexões mais lentas.