Tanto quanto eu entendo, os marcadores padrão estão escondidos em /usr/lib/firefox-n.n/omni.jar , você pode modificar este arquivo para alterar marcadores padrão para todos os usuários. De qualquer forma, isso não é uma boa prática e espero que o fornecimento de padrões seja mais fácil com o tempo.
Uma maneira mais agradável é fornecer algo em um diretório de perfil padrão para permitir que o assistente de migração importe os marcadores, quando um novo perfil do Firefox for criado. Eu acho que você tem que fornecer profiles.ini em /etc/skel/.mozilla/firefox .
[General]
StartWithLastProfile=1
[Profile0]
Name=default
IsRelative=1
Path=5ge4y5n2.default
Default=1
E sob /etc/skel/.mozilla/firefox/5ge4y5n2.default você pode fornecer seus arquivos para serem importados para um novo perfil, por exemplo, bookmarks.html ou places.sqlite .
O único problema com essa prática é que ela permite apenas um perfil do Firefox por usuário e a exclusão do perfil e a criação de um novo perde os padrões.